万福寺，位于福建省福清市渔溪镇的黄檗山。 万福寺创建于唐贞元五年(公元789)。
自唐以后，历代兴废不一，明朝时期多次修建，明万历四十二年(1614)皇帝御赐"万福禅寺"匾额。
清顺治九年(1652)，日本长崎华僧所建的兴福寺住持逸然及唐三寺各位护法，多次度海联名邀请该寺的隐元东渡弘扬佛法。
1654年5月隐元率领徒众三十人南行，7月5日抵达日本长崎。到达日本后，又得到天皇和德川幕府德川家康将军的优待，在京都宇治赐地建立寺庙。新寺建成后，隐元不忘故山，命名黄檗山万福寺，并创立一新宗派，与日本原有的临济、曹洞并立，称为黄檗宗。
1983年，万福寺被定为汉族地区全国重点寺院。
相关典故
后来日本黄檗宗僧侣就称福建的祖寺为"古黄檗"，称京都的新寺为"新黄檗"。
日本黄檗山的建筑规模、丛林制度和宗教仪式等，完全仿照福清黄檗山的形式，今犹保存三百年前隐元时代的规模。其最初十几代的住持，多由中国渡日的僧侣担任。清中叶后，中日黄檗山僧侣的往来濒于停滞。
1979年，日本黄檗宗各寺以宗议会议长吉井鸠峰为团长，组成"古黄檗拜塔友好访华团"，来到福州黄檗山万福寺拜塔礼祖，恢复了中断已久的中日两国黄檗山佛教的友好联系。其后，"日中友好临黄(临济与黄檗)协会"又多次组团来华访问。
1983年，他们在黄檗山建立了一座"日本黄檗山万福寺开山隐元禅师东渡振锡之地"碑以作纪念。
建寺由来
唐贞元五年（789年），莆田人正干从六祖惠能处学禅得法后回闽，路经黄檗山，爱其山川灵秀，想起师父“遇苦即止”的赠语，因悟“黄檗味苦”，便开山结茅，募缘建寺，初名“般若堂”。
贞元八年（792年），又于堂之东向增辟院落，禅寺粗具规模，朝廷赐名为“建福禅寺”，俗称“黄檗寺”。大中二年（848年），希运来此出家。
他后至江西百丈山参拜怀海，得传心印后,希运后来在洪州高安（今宜丰县）鹫峰山建寺弘法，并改其山名为黄檗山。怀海传希运、希运传义玄，黄檗山成为临济宗的发源地之一。
宋时临济宗宗风犹盛，绍兴年间（1131-1162年），临济宗杨歧派善果禅师从湖南沩山来福建黄檗山住持，达10年之久。元朝时逐渐衰微，寺几荒废。