福清第二中学创办于1891年，其前身是美国美以美公会创办的毓贞、明义两所西式新学。110多年来，学校作为玉融侨乡办学先导，坚持科学发展观，坚持“三个面向”、“五育并举”，发扬“求实、创新、团结、奋进”的校训精神，举素质教育之旗，走全面发展之路，兴特色办学之风，以实现“科研性、现代化、有特色、高质量、精品型”为办学目标，深化教育改革，狠抓教学质量。为神州、为寰宇输送了数以万计的优秀人才。其中不乏学界泰斗、社会巨擎、海外贤达、画苑俊才、体坛健将，中国科学院院士、中国科技大学校长侯建国，联合国粮农组织/国际原子能机构联合司司长梁劬，北京画院艺委会副主任、中国美术家协会会员、国家一级画家石齐，亚洲撑杆跳冠军梁学仁;更有大批奋斗在祖国各行各业的建设人才，他们都是学校的光荣和骄傲。
学校是全国教育科学规划课题福州子课题《初中英语课堂教学模式与课程标准实施研究》课题实验先进实验校，福建省体育(田径)传统项目重点中学，福州市文明学校，福州市绿色学校，福州市现代教育技术实验校，福州市科技示范校，福清市党建工作先进单位，福清市教育工作先进单位。
学校师资力量雄厚，教学设备一流。学校现有47个教学班，其中高中部30个教学班，初中部17个教学班，学生2300多人，教职工近200人，教师任职合格率达100%，其中高级教师40多人。学校拥有15间完备而规范的理化生以及探究实验室。40间教室实现了多媒体组合，学校教学教育资源高度共享，形成了数字化、信息化、智能化的校园网络。学校还拥有一座达到国家级标准的室内体育场馆、一座达到省级要求的图书馆大楼以及400米塑胶环形跑道的运动场。
近几年，学校高考上线率高达98%以上，本科效益名列全市前茅，尤其是在实施高中新课程改革之后，学校作为福州市级样本校，坚持“自主、合作、探究”改革理念，倡导和推行“创新、创活、激趣，构建生本课堂”的课堂教学模式研究，重视对学生创新精神的培养。三年的课改，取得了一定的成效。2009年高考，我校本科上线率首次突破90%，本一上线率和本科上线率同比分别提高了16和37个百分点；2009年共有10项作品在省市级科技创新大赛中获奖。学生的科学实践活动荣获省科技创新大赛二等奖。
2014年，福清第二中学正式晋升为福建省一级达标高中。
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福清市第二中学地址：福清市城隍街3号
福清第二中学(新校区)：福州市福清市龙山路(福清三福龙景南侧约250米)
学校荣誉
1986年国家体委、教委授予学校“全国先进体育传统项目学校”的称号，1996年学校经省教委验收升格为三级达标中学，跻身福建省重点中学行列；2001年又晋升为二级达标中学，连续三届评为福州市文明学校。并获得“中国特色教育示范基地”、“全国教育科学‘十五’规划课题福州子课题《初中英语课堂教学模式与课程标准实施研究》课题实验先进实验校”、“全国教育科学‘十五’规划教育部重点课题《综合实践活动地方(校本)课题的开发及师资建设》实验学校”以及“中科院心理研究所的国家级实验课题《知识与能力同步发展》实验校”、“中国少年科普基地”、 “福州市推行《国家体质健康》标准工作先进单位”、“福州市关心下一代工作先进单位”、“福州市先进教工之家”、“福州市电化教育先进集体”、“福州市普通高考管理先进考点”、“福清市教育系统先进单位”、“福清市办学质量先进单位”、“福清市初中按时毕业率、报考率、综合比率先进单位”、“福清市青少年科技工作先进单位”、“福清市教育口计生工作先进单位”、“福清市学校安全工作先进集体”等荣誉称号。学校科技“三小”作品多次在国家、省市各级获奖，未名文学社被评为“全国优秀文学社”。
2021年12月，被福建省教育厅认定为“第一批省级平安校园”。